Эдвард и Альфонс Элрики — братья, живущие в деревне Ризенбург (Resembool) в стране Аместрис (アメストリス). Их отец, Хоэнхайм, ушёл из дома, когда Эдвард и Альфонс были ещё совсем детьми. Спустя годы, их мать, Триша Элрик, умирает от неизлечимой болезни. После смерти матери Эдвард решает вернуть её с помощью алхимии — передовой науки, суть которой заключается в том, что один объект может быть преобразован во что-то совершенно другое, но в точности равноценное первоначальному предмету. Для этого они изучают тайные формулы своего отца, посвященные Человеческому преобразованию, запретному искусству, с помощью которого теоретически можно даже возродить умершего человека. Однако, эта попытка провалилась, приведя к потере левой ноги Эдварда, Альфонс же потерял свое тело полностью. В отчаянной попытке спасти брата, Эдвард жертвует своей правой рукой, чтобы прикрепить душу Альфонса к рыцарским доспехам. После этого Эдвард получает вместо левой ноги и правой руки пару автопротезов (или автоброни) - современных искусственных конечностей, созданных близкими друзьями семьи Уинри Рокбэлл и её бабушкой Пинако.
Эдвард решает стать Государственным Алхимиком (国家錬金術師), то есть алхимиком, который работает на Армию Аместриса. Государственных Алхимиков отличают по их серебряным карманным часам и уникальным званиям, присваиваемым после вступления в должность. Это звание позволяет Эдварду использовать обширные ресурсы, чтобы найти способ вернуть потерянное братьями, но также превращает его в «оружие» армии («цепного пса»армии). Очень многие люди, которые встречаются братьям в пути недружелюбно относятся к ним именно из-за звания, которое носит Эдвард. Люди ненавидят армию, а особенно Государственных Алхимиков, так как они виновны в уничтожении почти всего населения Ишвара в последней Гражданской войне.
Со временем братья узнают о Философском камне, по легенде позволяющем владельцу полностью обойти Закон Эквивалентного Обмена, и отправляются на его поиски, чтобы с его помощью восстановить свои тела. В конце концов Элрики узнают, что для создания Философского Камня требуются жизни людей. Они также встречают тех, кто тоже ищет Камень, делая все возможное (в том числе убивая ни в чём не повинных заключённых), чтобы камень попал в их руки. На братьев нападают Гомункулы - группа человекоподобных созданий, которые несут в себе части Философского Камня, позволяющие им исцеляться от практически любого нанесенного урона. Они названы в соответствии с семью смертными грехами и выступают в качестве главных злодеев в аниме.
В манге человек, называемый Гомункулами «Отец» — создатель всех Гомункулов. Он управляет ими из тени Главнокомандующего страны Аместрис. Изначально он был небольшим шариком теней в колбе с надписью «гомункул», созданный с кровью Хоэнхайма. Он подстрекает короля на выполнение Человеческого Преобразования, что приводит к уничтожению страны Ксерксес(Xerxes). Как дар за помощь ему Отец сделал Хоэнхайма бессмертным, возродя его тело с помощью половины населения Ксерксеса; другую половину он использовал для создания тела для себя в подобие Хоэнхайма. Есть подозрение что Отец планирует использовать Ишвар как гигантский преобразовательный круг для создания Философского Камня, но гомункул Зависть намекает, что это ещё не вся правда.

01. One Who Challenges the Sun
02. Body of Taboo
03. Mom...... Okaa-san.....
04. Transmutation of Love
05. Dash! Auto-Mail
06. National Alchemist Qualification Test
07. The Night the Chimera Cries
08. Philosopher's Stone
09. Silver Watch of the Dog of the Military
10. Thief Siren
11. Plain of Pebbles, Part 1
12. Plain of Pebbles, Part 2
13. Flame vs. Full Metal
14. The Right Hand of Destruction
15. Ishbal Massacre
16. That Which was Lost
17. The House Where the Family Waits
18. Marco Note
19. The Genuine Truth Behind Truths
20. Guardian's Soul
21. Crimson Glow
22. Created Human
23. A Heart of Steel
24. Affixing Memories
25. Farewell Ceremony
26. Her Reason
27. Teacher
28. One is All, All is One
29. Untainted Child
30. South Headquarters Assault
31. Sin
32. Dante of the Deep Forest
33. Kidnapped Al
34. The Theory of Greed
35. The Reunion of Fools
36. The Sinner Within Me
37. Flame Alchemist, Fighting Lieutenant, Mystery of the Thirteenth Warehouse
38. With the River's Flow
39. Eastern Civil War
40. The Scar
41. Holy Mother
42. I Know His Name
43. The Stray Dog Has Ran Away
44. Hohemheim of Light
45. The One Who Lets Her Heart Rot
46. Human Transmutation
47. Homunculus Seal
48. Goodbye
49. To the Other Side of the Door
50. Death
51. Munich 1921
Reflections Special (56 мин)